Unsere Gemeinde wurde am 15. Februar 1849 als erste Baptistengemeinde in Schleswig-Holstein und zugleich in Pinneberg als erste evangelische Gemeinde gegründet.

Nachdem die erste deutsche Baptistengemeinde im April 1834 von Johann Gerhard Oncken in Hamburg ins Leben gerufen wurde, zog ein Mitglied dieser Hamburger Gemeinde, Johann Adam Mahr, aus beruflichen Gründen nach Pinneberg. Hier begann er 1844 als Teil der Gemeinde Hamburg mit Gottesdiensten und aus dieser "Station" gründete Johann Gerhard Oncken am 15. Februar 1849 die Baptistengemeinde Pinneberg als 26. deutsche Baptistengemeinde und erste Gemeinde im damals noch dänischen Schleswig-Holstein. Zunächst wurden die Gottesdienste überwiegend in privaten Räumen abgehalten.

1874 mietete die Gemeinde einen Versammlungssaal und errichtete 1897 ein eigenes Gotteshaus auf dem Grundstück Rübekamp 31 in Pinneberg. Die Einweihung war am 31. Oktober 1897. 1955 wurde diese Kapelle umgebaut und vergrößert.

1972 zog die Gemeinde in das frühere "Parkhotel" im Fahltskamp 79, wo sie sich noch heute befindet. Im Jahr 2003 wurden durch eine große Umbaumaßnahme diese Räumlichkeiten modernisiert, vergrößert und behinderten- bzw. rollstuhlgerecht verändert.

2008 gab sich die Gemeinde einen neuen Namen: Kirche am Fahlt . "Fahlt" - so heißt der Stadtwald in Pinneberg und an diesen grenzt unsere Kirche an. Die Kirche am Fahlt in Pinneberg arbeitet auf der Basis der ACK (Arbeitsgemeinschaft christlicher Kirchen) und der EAD (Evangelische Allianz Deutschlands) mit den anderen christlichen Kirchen in Pinneberg zusammen.